Vzdělávací systém v Beninu odpovídá tomu francouzskému. Po šesti letech na základní škole následuje dvoustupňová střední škola. V Beninu se nachází tři univerzity, dvě z toho jsou na jihu a jedna na severu. Univerzity nabízí studium medicíny, ke studiu je však přijato jen několik studentů.

Povinná školní docházka v Beninu je 6 let. Dlouhou dobu bylo nutné platit školné rovněž na veřejných školách, což představovalo problém pro mnoho velkých rodin, a proto mnoho dívek do školy nikdy nechodilo. Na konci 90. let vláda zakázala veškeré poplatky na státních školách. Častým problémem však zůstává vzdálenost, poněvadž v několika regionech se školy nenachází v rozmezí 5 km. Míra gramotnosti v zemi je kolem 50 %. Katolické školy patří mezi ty nejkvalitnější v zemi.